建设项目联合审批具体流程分为：立项许可、规划许可、施工许可和竣工验收4个阶段。《办法》明确了建设项目联合审批的联席会议制度、缺席默认制、超时默认制，以及审批方式。建设项目联合审批通过联席会议进行，联席会议主要由涉及建设项目的相关单位组成。建设项目联合审批实行缺席默认制和超时默认制，联办部门无故缺席会议或不在规定时间内作出决定的，一律视为同意申请人的申请要求。建设项目联合审批按照统一受理、统一收费、联合勘查、并联审批、统一送达的方式进行。

    同时，《办法》还限定了建设项目联合审批的办理时限。实行联合审批的建设项目，办理时间不得超过45日。联合审批的收费实行“一费制”，收费项目包括：人防工程易地建设费；文物调查、勘探、发掘费；城市基础设施配套费、工程定额测定费、建设劳保费、工程质量监督费、拆迁管理费、新型墙体材料专项基金、建筑垃圾处置费、临时占道费等；散装水泥专项基金；法律法规规定的其他行政事业性收费。《办法》还对建设项目联合审批的监督检查作出了规定。